Die Kultivierung im Schüttelkolben unterscheidet sich von der Oberflächenkultivierung, bei der die Zellen direkt hohen Sauerstoffkonzentrationen ausgesetzt werden. Bei Schüttelkolbenkulturen sind die Zellen geringen Sauerstoffkonzentrationen ausgesetzt, da die Mikroorganismen in der Kulturbrühe suspendiert sind.